燃氣鍋爐在使用過程中最常見的問題就是水垢問題，水垢的多少直接影響到鍋爐使用壽命，燃氣鍋爐的水處理工作主要是防止燃氣鍋爐結垢。為了保證燃氣鍋爐的安全經濟運行，對水垢要及時加以清除。
1、燃氣鍋爐機械除垢法:當燃氣鍋爐爐內有疏松的水垢和水渣時，停爐后使燃氣鍋爐冷卻、放掉爐水，用清水沖洗后，即可用扁鏟鋼絲刷和機動銑管器進行除垢。這種方法比較簡單，多用于結垢簡單的小型燃氣鍋爐上。但勞動強度大，除垢效果差，容易損壞鍋爐本體。
2、燃氣鍋爐酸洗除垢法:酸洗除垢法大部分是采用鹽酸或硝酸來清洗的。酸洗液是由鹽酸加緩蝕劑或硝酸加緩蝕劑組成的。這種酸洗液既能消除鍋爐中的水垢(除硝酸鹽水垢時，需添加氫氟酸)，又極少腐蝕燃氣鍋爐。酸洗除垢有溶解作用、剝離作用和疏松作用。
3、燃氣鍋爐堿煮除垢法:堿煮除垢法除垢，其效果要比酸洗除垢法差，但是堿煮后由于水垢松，因此對于難以用鹽酸清除的水垢，在酸洗前也可以用堿煮法進行一次予處理。堿煮法操作簡單，副作用也比較小。缺點是煮爐時間比較長，藥劑消耗量比較多，且效果差。
